明初，镇守总兵官的权力相当大。如宣府镇，永乐时总兵官的职掌为：“整饬兵备，申严号令，练抚士卒，振作军威。务要衣甲整齐，器械锋利。城堡墩台坍塌以时修治坚完，官军骑操马匹责令饲养膘壮。仍督屯田粮草，并一应钱粮不许侵欺。遇有贼寇，相机战守。”（注：《宣府镇志》卷二《诏命考》，1969年台湾学生书局影明嘉靖四十年刊本。）这就是说练兵、作战、筹饷均由总兵官负责。这样，第一，都指挥使受其节制，成了他的下属官，地位降低了；第二，改变了练兵将领不指挥作战，指挥作战的将领不管练兵，兵将分离的作法，有利于提高部队战斗力；第三，事权专一，增强了总兵的责任心。当然，这样也存在着一种危险，即总兵可能拥兵自重，称霸一方，威胁中央集权的统治。明廷为了改变这种状况，正统之后，较为普遍地派巡抚等文官参与部队管理，削弱总兵官的权力。再以宣府为例。正统年间，任命总兵官的敕书中“务要衣甲整齐……并一应钱粮不许侵欺”的一段职责没有了，即不再执掌衣甲、兵器、城堡、屯田、钱粮等等，而增加了“凡一应军机之事，须与巡抚等官从长计议停当而行”（注：《宣府镇志》卷二《诏命考》，1969年台湾学生书局影明嘉靖四十年刊本。）。就是说，总兵再也不能独自决断军机，事事要同巡抚商量，而且“毋得偏私执拗，乖方误事”（注：《宣府镇志》卷二《诏命考》，1969年台湾学生书局影明嘉靖四十年刊本。）。与此相反，派往军队的文官巡抚，权力则相当大，不仅有将领的职权，管理过去总兵管的屯田、粮饷、衣甲、器械、城池修缮，而且还有参奏权和便宜处置权。表面上，巡抚和总兵官是平行的，遇有重大事情共同商量，而实际上，总兵官的地位比巡抚要低。这之后，文官对军队的控制进一步加强。在边防、海防均设总督，临时用兵还设经略、经理等。总督协调较大地区的军政事务，总兵、巡抚均受其节制；敌人进犯时，可以协调所辖地区的军队，相机战守；辖区内的军务，兵马钱粮，可以“便宜区处”，是更大地区的军政最高长官。总督的设立扩大了防区的范围，有利于协调较大地区的军事行动，抵御敌人较大规模的进犯。
明初地方最高军事长官为都指挥，一变而为总兵官，再变而为巡抚、总兵官，三变而为总督。这种转变基本是沿着两个方向进行的：一个是将平时体制转变为平战结合的体制，一个是文官参与军队管理，加强对军队的控制。
明初，军队出征，即平时体制转变为战时体制要设总兵、参将等指挥官，以便对敌作战。后来就是把这种战时体制运用到平时，形成了平战结合的领导体制。这种体制平时训练军队的将领就是战时指挥作战的军官。为了取得战争的胜利，平时这些将领就要认真操练部队，比卫所军的将领责任心更强；战时将领熟悉所属部队士兵的情况，士兵能较好地体会将领的意图。这对夺取战争胜利是十分有利的。因此，这种变革是一进步。
